Научно-медицинская библиотека Института существует со дня основания в 1967 году. Ее организатор и руководитель — Корякова Галина Павловна.
В основу фонда библиотеки легли книги, которые передал в дар из личной библиотеки первый директор Института гриппа — академик Анатолий Александрович Смородинцев, а также литература из обменных фондов 1 ЛМИ им. И. П. Павлова, Военно-медицинской Академии, ИЭМа и других медицинских библиотек.
Дальнейшее пополнение фонда идет за счет текущего комплектования, подписки на отечественные и зарубежные журналы, целевых закупок новой научной литературы, прямого обмена периодикой с зарубежными странами.
Фонд библиотеки насчитывает около 60 тысяч печатных единиц: книги, журналы, брошюры, диссертации и авторефераты диссертаций, научные отчеты ОНИР, ксерокопии статей из зарубежных журналов по вопросам вирусологии, иммунологии, молекулярной биологии, биохимии, фармакологии, эпидемиологии, инфекционных заболеваний и др. смежных дисциплин.
Фонд библиотеки организован по принципу открытого доступа.
Справочно-информационный фонд библиотеки включает различные энциклопедии, справочники, печатные справочно-библиографические и реферативные издания, а также систему каталогов и картотек.
Библиотека обслуживает сотрудников НИИ гриппа, научных сотрудников и практических врачей других учреждений Санкт-Петербурга и командированных из других городов России и стран ближнего зарубежья.
Библиотечно-библиографическое обслуживание читателей осуществляется через индивидуальный абонемент, читальный зал и межбиблиотечный абонемент.
Библиотека располагает компьютером, подключенным к глобальной информационной сети Интернет для обеспечения прямого доступа читателей к мировым и отечественным информационным ресурсам и множительной техникой.
В настоящее время фонд библиотеки активно пополняется новой литературой благодаря многочисленным дарам сотрудников Института: академика О. И. Киселева, докторов наук В. Т. Дриневского, М. К. Ерофеевой, Л. В. Осидак, А. А. Сомининой, Л. М. Цыбаловой и других благодарных читателей.