Полезные ссылки
|
Лаборатория молекулярной вирусологии и генной инженерии
Лаборатория молекулярной вирусологии и генной инженерии была организована в 1987 году. В лаборатории, в рамках системы глобального надзора за гриппом, с помощью современных методов молекулярной вирусологии ежегодно проводится исследование генетического разнообразия и молекулярно-биологических свойств вирусов гриппа А и В, а также изучение эволюции вирусов гриппа, циркулирующих на территории РФ. Лаборатория имеет лицензию №001262 на деятельность, связанную с использованием возбудителей инфекционных заболеваний и выполнение работ с микроорганизмами III — IV групп патогенности (Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 20.02.2006). Основные направления деятельности лаборатории
Основные достиженияВ эпидемический сезон 2006–2009 годов проанализированы более 200 штаммов вирусов гриппа А и В, проведен анализ устойчивости к «Озелтамивиру» 110 штаммов сезонного вируса гриппа А субтипа H1N1. Показано, что в эпидемический сезон 2008–2009 годов в России циркулировали вирусы гриппа А подпипов H1N1 (клайды 2B и 2С), H3N2, В и пандемический вирус H1N1V. Среди вирусов гриппа A H1N1 превалировали штаммы, относящиеся к клайду 2В. Вирусы гриппа A подтипа H3N2 2008–2009 годов относились к генотипу D, были устойчивы к ремантадину, чувствительны к озелтамивиру. Среди российских штаммов вирусов гриппа А H3N2 2009 года выделения не было выявлено штаммов, подобных штамму Perth/16, рекомендованному для производства гриппозных вакцин. В 2009 году наблюдалось возвращение в циркуляцию Vic87-подобных вирусов гриппа B (III–II), которые вытеснили Yam88-подобные вирусы, преобладавшие в 2008 году. Проанализированные штаммы пандемического вируса гриппа А/H1N1v устойчивы к ремантадину (несут мутацию S31N) и чувствительны к «Озелтамивиру». Установлено, что отдельные белки вируса гриппа (HA, NA и M) способны вызывать патологические нарушения, характерные для гриппозной инфекции как in vitro, так и in vivo. При этом, HA, NA и M белки способны модулировать фибринолитическую и антикоагулянтную активность плазмы крови, изменять активность эритроцитов (HA) и тромбоцитов (HA, NA и M), усиливать частоту сокращения лимфатических сосудов (HA, NA и M), блокировать CD-4 рецептор Т-клеток (HA и M белки, на 20% и 70%, соответственно), вызывать пролиферацию лейкоцитов периферической крови и экспрессию CD25-рецепторов (ИЛ 2). Механизм действия вирусных белков на все эти процессы в организме хозяина можно объяснить наличием в структуре вирусных белков аминокислотных последовательностей, мимикрирующих аминокислотные последовательности ряда регуляторных белков и пептидов хозяина таких, как тканевой активатор плазминогена человека, инсулин, соматостатин, опиоидные, гастроинтестинальные пептиды и др. Начаты исследования о повреждающем действии вируса гриппа на эндотелий сосудов. Получены данные, свидетельствующие о том, что вирусы гриппа А: H5N1, H3N2, H1N1 могут полноценно репродуцироваться в культуре эндотелиальных клеток и оказывать на них повреждающее действие, которое выражается в апоптозе данной культуры. Разработан опытный образец олигонуклеотидного микрочипа для выявления вирусов гриппа типа А подтипа H5N1 в клиническом материале. Разработаны оригинальные подходы для регулирования самосборки полипептидов. С помощью методов обратной генетики получены 6 вакцинных кандидатов, являющихся 5:3 и 6:2 реассортантами высокоурожайного вируса PR/8/34 (H1N1) и вирусов гриппа A/Kurgan/5/05 (H5N1), A/Texas/04/09 (H1N1). Созданы рекомбинантные гриппозные векторы, экспрессирующие микобактериальный антиген ESAT-6. Показана профилактическая и терапевтическая эффективность рекомбинантных гриппозных векторов на моделях экспериментальной туберкулезной инфекции. Впервые получена оригинальная бактериальная система экспрессии рекомбинантного гена антигена Дельта, в которой осуществляется одновременный синтез малой и большой форм антигена ВГД по эукариотическому типу экспрессии, на основе штамма E.coli XL1-Blue, несущего Sup E мутацию, содержащего плазмиды рUC-D или pGEX-D. Амплифицированы, секвенированы и клонированы гены, кодирующие структурную часть белков 14.3.3 и приона человека (эмбриональный мозг), полноразмерный ген антигена ВГД (сыворотка больного). Определение первичной нуклеотидной последовательности полноразмерных геномов двух изолятов вируса гриппа H5N1 из г. Кургана и двух крымских изолятов, выделенных во время вспышки заболевания среди домашней птицы в 2005 году. Все полученные последовательности были депонированы в Международную базу данных GenBank с кодами доступа DQ449632–DQ449647; DQ650659–DQ650670. Филогенетический анализ первичных нуклеотидных последовательностей всех генов данных изолятов выявил высокий уровень гомологии гемагглютининов западносибирских штаммов со штаммами, изолированными весной того же года в северо-западной провинции Цинхай (КНР). Было показано, что данные изоляты кластеризуются со штаммами так называемой Цинхайской группы и относятся ко 2 субклайду 2 клайда вируса гриппа А H5N1 по классификации ВОЗ и близки к рекомендованному ВОЗ вакцинному кандидату An A/Bar headed goose/Quinghai/1A/2005-like virus, полученному методом обратной генетики (2006). Впервые выявлена циркуляция генотипа II вируса гепатита Дельта в Якутии. Ранее данный генотип выявлялся только в Тайване и Японии. Филогенетический анализ с применением компьютерных программ CLUTAL W (1.8), PHILIP и PAUP показал, что российский ВГД генотипа II формирует отдельную ветвь между тайваньскими и японскими изолятами. Филогенетический анализ полноразмерных последовательностей генома вируса гепатита В (ВГВ), полученных из GenBank/EMBL, что позволил выявить высокую частоту рекомбинантных событий в эволюционной истории ВГВ. Для 9 мозаичных геномов картированы предполагаемые точки рекомбинации. Шесть мозаичных геномов образовались в результате рекомбинации между генотипами В и С и были изолированы в Юго–Восточной Азии, где данные генотипы циркулируют совместно. Три мозаичных генома представляли А/D рекомбинанты. Все они были выделены в Италии, где А и D генотипы составляют 90% популяции ВГВ. Среди ВГВ, циркулирующих в Санкт-Петербурге, выявлен вариант, образовавшийся в результате рекомбинации генотипов А и D. В трех образцах, полученных от пациентов, выходцев из Юго-Восточной Азии, был обнаружен генотип С. Таким образом, было показано, что в Санкт-Петербурге, как и в Западной Европе происходит расширение спектра генотипов ВГВ за счет миграции населения. Современные/уникальные методы исследования, применяемые в лабораторииПЦР, ОТ-ПЦР, Real-Time ПЦР, RFLP-анализ, высокоэффективная жидкостная хроматография, спектрофотометрия, спектрофлуориметрия, метод динамического светорассеивания, микробиочипы, комплекс компьютерных программ для анализа нуклеотидных и белковых последовательностей, моделирования пространственной структуры полипептидов и образования белковых комплексов и др. Оснащение лабораторииЛаборатория имеет оснащенные необходимым оборудованием ПЦР-боксы, соответствующие «Методическим рекомендациям по проведению работ в диагностических лабораториях, использующих метод полимеразной цепной реакции», утвержденных в 1995 году ГК СЭН. В лаборатории имеется следующее оборудование: ламинарные боксы, низкотемпературные установки, термоциклеры, приборы Real-Time ПЦР, прибор для регистрации результатов ПЦР по конечной точке «Алладин», центрифуги, УФ-трансиллюминатор, вакуумный отсасыватель и пр.). В лаборатории имеется секвенатор (ABI Prism-3100) для определения первичных нуклеотидных последовательностей, а также необходимое для анализа полученных результатов современное программное обеспечение (построение филогенетических деревьев, нуклеотидных и белковых элайнментов). Имеется микробиологические боксы для работы с бактериями и проведения генно-инженерных работ по получению рекомбинантных ДНК, созданию продуцентов вирусных белков и их фрагментов и для осуществления непрямого секвенирования. Имеется изолированный, оснащенный современным оборудованием блок, отвечающий уровню биобезопасности BSL-2 по международным стандартам, для проведения работ по конструированию вирусных векторов и вакцин методами обратной генетики.
Межинститутские и международные научные связи в рамках грантов, проектов, программ
Патенты
Научные экспедиции
Избранные публикации
|